Bioinformatics analyst

Z WikiKnihovna
Verze z 16. 5. 2012, 13:09, kterou vytvořil Witcher (diskuse | příspěvky) (Zrušena verze 22063 od uživatele Witcher (diskuse))

Autor: Michal Létal


Popis práce:

Bioinformatický analytik (Bioinformatic analyst) spadá do pole bioinformatiky. Bioinformatika využívá nejrůznější nové technologie pro analýzu, modelování a simulaci různých biologických jevů. Také pomáhá při zpracování a následné práci s daty a informacemi získanými z nejrůznějších biologických výzkumů. Bioinformatika propojuje pole biologie, chemie a medicíny s informatikou a informační vědou.

Občas je tato práce také kombinována s prací Bioinformačního statistika (Bioinformatic statistian) nebo Bioinformačního programátora (Bioinformatic programmer).

 

Náplň práce:

Hlavní náplní práce bioinformačního analytika je vědecky analyzovat a zpracovávat data z bioinformatických výzkumů a projektů. Prezentace a konzultování výsledků těchto zpracování a analýz. Plnění databází daty získanými z výzkumů a udržování aktuálnosti těchto databází. Také konzultace o cílech a směřování dalších výzkumů.  V dnešní době jde především o analyzování genetických informací. (např. složitých struktur DNA a RNA). 


Povinnosti / Zodpovědnost:

Bioinformatický analytik může vykonávat nebo mít na starosti některé z těchto procedur a úkolů.

  1. Data mining, popis dat a analyzační činnost. Udržování znalostí o příslušné vědecké literatuře, příprava dat a zveřejnění zpráv pro využití jinými vědeckými pracovníky.
  2. Znát ukazatele kontroly kvality dat a zajistit odpovídající analýzy a zpětné vazby pro odběratele technických údajů.
  3. Pomoc při návrhu nových experimentů a analyzování dat pro podporu vývoje nových technologií.
  4. Vývoj algoritmů k integraci profilových dat s jinými typy dat pro biologické analýzy, biomarkery a cíly výzkumu. Práce s různými týmy jako expertní znalec pro podporu programů z různých oblastí.
  5. Spolupráce s pracovníky pro kontrolu kvality dat a výzkumnými pracovníky k ustanovení norem kvality dat a řízení průběžné analýzy příčin.
  6. Rozvoj práce s veřejnými zdroji včetně: sbírání a spravování dat z těchto zdrojů, integrace dat genomů s různými typy dat z externích zdrojů.
  7. Integrovat a analyzovat genomová data ze sekvenční analýzy, funkční analýzy a ostatních druhů podobných analýz
  8. Návrh a analýza sekvenčních experimentů, genové exprese a genotypizacie ve spolupráci s interními a externími zákazníky.
  9. Rozvíjení, udržování a analýza metrik kontroly kvality a kontrola kvality databáze genové exprese ke sledování produkce a výskytu a vlivu vad.
  10. Pomoc pracovníkům Týmu pro udržení kvality dat při vytváření programů pro kontrolu kvality při výrobě a následném udržování těchto programů.[1]


Kariéra:

Pracovní uplatnění v tomto oboru je široké. Pracovníci mohou pracovat pro výzkumná centra, v soukromém sektoru, na univerzitách nebo ve vládních institucích popřípadě i ve specializovaných nemocnicích. Kariéra v tomto sektoru je velmi perspektivní, protože produkce biologických dat a informací každoročně roste. Podle U. S. Bureau of Labor Statistics má být v období od roku 2008 po rok 2018 nárůst pracovních míst v odvětví Bioinformatiky až o 21%. Bioinformatičtí analytici pracují v průměru 40 hodin týdně, občas musí pracovat i přesčas. Roční průměrný plat v roce 2010 byl v U.S.A.  68 220 $.[2]

Bioinformační analytici většinou pracují v týmech obklopení dalšími bioinformačními analytiky, bioinformačními statistiky,bioinformačními programátory, biology, chemiky, informatiky nebo doktory. Kariérní růst je možný v rámci těchto týmů. Mnoho institucí má pozice bioinformačních analytiků rozděleny do různých stupňů např. I, II, III nebo klasického rozdělení Junior/Senior. Dále následuje šéf celého týmu/oddělení.    


Vzdělání:

Naprosté minimum pro tuto profesi je Bakalářský titul (Bachelor degree) v oborech jako biologie, molekulární biologie, genetika, biochemie kombinovaný s informatikou nejlepší je ovšem přímo titul v bioinformatice. Většina pracovních nabídek nicméně vyžaduje Magisterský stupeň vzdělání (Master degree) a pro pozice v důležitých a rozsáhlých výzkumech nebo pro vedení týmů musí pracovníci mít ukončené postgraduální studium. Důležitým faktorem je také získaná praxe v oboru, důležitost a výsledky předešlých výzkumů.

Seznam Univerzit kde se bioinformatika vyučuje: http://anil.cchmc.org/University.html


Kompetence:

Bioinformační analytik by měl mít:

  1.  Alespoň bakalářský titul v přírodovědných oborech, včetně oblastí, jako je biologie, molekulární biologie, genetika, biochemie, a bioinformatika.
  2. Zkušenosti s prostředím operačních systémů založených na bázi Windows a Unix.
  3. Zkušenosti se statistickým modelováním a algoritmy pro data mining.
  4. Zkušenosti se systémy řízení jakosti.
  5. Znalosti statistiky a různých metod analýzy.
  6. Znalost Matlabu, Spotfire, SAS, C + +, nebo jiných datově analytických nástrojů.
  7. Znalost SQL, PERL, Oracle DB, nebo Unix.
  8. Zvládání práce s velkými objemy dat např. DNA čipy.
  9. Znalost nových technologií v oblasti práce s genomy.  
  10. Zkušenosti z oblastí Biotechnologií, farmacie a vývoje léčiv.
  11. Nějakou publikační činnost v oblasti genetiky, bioinformatiky a statistiky.
  12. Znalost práce v laboratořích genomiky s aplikací v onkologii, léčbě diabetu, léčbě kardiovaskulárních nemocí, léčbě zánětů nebo imunologie.
  13. Znalost relačních databázových systémů jako Oracle, MySQL, Sybase.
  14. Schopnost pracovat se softwarem pro analýzu a práci s daty v prostředí Unix.
  15. Schopnost rychle se učit pracovat s dalšími výpočetními nástroji.
  16. Silné analytické dovednosti a schopnost řešit rychle a efektivně problémy v rámci působnosti pracovní pozice.
  17. Mít skvělé komunikační schopnosti ať už v psané nebo písemné formě, výborné prezentační dovednosti a schopnost mezilidské spolupráce.
  18. Schopnost dokumentovat a popsat různé procesy.[3]

 


Profesní sdružení:

Bioinformatics Organization

Tato organizace slouží vědeckým a vzdělávacím potřebám bioinformačních odborníků a široké veřejnosti. Zajišťuje a podporuje otevřený přístup k materiálům a metodám potřebným pro výzkum, vývoj a vzdělávání v tomto oboru.[4]

ISCB

Zkratka znamená: International Society for Computational Biology. ISCB slouží k poskytování přístupu k vysoce kvalitním publikacím, pořádáním setkání, a slouží jako portál pro informace o školení, vzdělávání, zaměstnání a poskytování novinek z příbuzných oborů.[5]

Czech FOBIA

Czech Free & Open Bioinformatic asociation. Je součástí České společnosti pro biochemii a molekulární biologii (ČSBMB), která sdružuje členy ČSBMB se zájmem o oblast bioinformatiky. Cílem sekce FOBIA je dobrovolné propojení členů ČSBMB se zájmem o oblast bioinformatiky, které by mělo vést k popularizaci bioinformatiky, pořádání přednášek a kurzů pro členy sekce a odbornou veřejnost, snazšímu navazování kontaktů a spoluprací.[6]


Poznámky:

  1. ↑ Bioinformatics analyst job description. In: HumanResourcer.Hrvinet.com [online]. February 15th, 2010 [cit. 2012-05-16]. Dostupné z: http://www.humanresources.hrvinet.com/bioinformatics-analyst-job-description/
  2. ↑ Bioinformatics Analyst: Job Duties, Salary and Outlook. In: Education-Portal.com: Making Education Accessible [online]. © copyright 2003- 2012 [cit. 2012-05-16]. Dostupné z: http://education-portal.com/articles/Bioinformatics_Analyst_Job_Duties_Salary_and_Outlook.html
  3. ↑ Bioinformatics analyst job specification. In: HumanResourcer.Hrvinet.com [online]. February 15th, 2010 [cit. 2012-05-16]. Dostupné z: http://www.humanresources.hrvinet.com/bioinformatics-analyst-job-specification/>
  4. ↑ Bioinformatics Organization. In: Bioinformatics Organization [online]. 16 May 2007, 15 March 2010 [cit. 2012-05-16]. Dostupné z: http://www.bioinformatics.org/wiki/About
  5. ↑ About ISCB. In: ISCB: The Leading Professional Society for the New Era of Computational Biology [online]. Copyright © 2011 [cit. 2012-05-16]. Dostupné z: http://www.iscb.org/iscb-aboutus
  6. ↑ Stanovy sekce CZECH FOBIA ČSBMB. In: Czech FOBIA: Free & Open BioInformatic Association [online]. 7. října 2004 [cit. 2012-05-16]. Dostupné z: http://fobia.img.cas.cz/index.cgi?page=rules&lang=cz


Zdroje:


Bioinformatics analyst job description. In: HumanResourcer.Hrvinet.com [online]. February 15th, 2010 [cit. 2012-05-16]. Dostupné z: http://www.humanresources.hrvinet.com/bioinformatics-analyst-job-description/

Bioinformatics analyst job specification. In: HumanResourcer.Hrvinet.com [online]. February 15th, 2010 [cit. 2012-05-16]. Dostupné z: http://www.humanresources.hrvinet.com/bioinformatics-analyst-job-specification/

PICK, Sarah. Career Tracks in Bioinformatics: A Snapshot of Life as a Bioinformatics Analyst. In: Bio Careers® [online]. Fri, 2011-03-25 [cit. 2012-05-16]. Dostupné z: http://biocareers.com/bio-careers-blog/career-tracks-bioinformatics-snapshot-life-bioinformatics-analyst.

Bioinformatics Analyst: Job Duties, Salary and Outlook. In: Education-Portal.com: Making Education Accessible [online]. © copyright 2003- 2012 [cit. 2012-05-16]. Dostupné z: http://education-portal.com/articles/Bioinformatics_Analyst_Job_Duties_Salary_and_Outlook.html

Bioinformatics Analyst. In: HERC: Higer Education Reccruitment Consortium [online]. 05/01/2012 [cit. 2012-05-16]. Dostupné z: http://www.mnyscherc.org/c/job.cfm?site_id=672&jb=10113492

Bioinformatics Analyst. In: J. Craig Venter Institute [online]. October 2006 [cit. 2012-05-16]. Dostupné z: https://careers.jcvi.org/careers/Careers.aspx?adata=wmlXLqLyD%2F5leYgbbZ%2BpNLffJ2sE55ejZNQvRZQ6F39SSgufTs%2FaMcf%2FL4x2NRWcoeelcZXB2vNH5fMJgimYSA%3D%3D

BIOINFORMATICS ORGANIZATION. Bioinformatics Organization [online]. [cit. 2012-05-16]. Dostupné z: http://www.bioinformatics.org/

CZECH FOBIA. Czech FOBIA: Free & Open BioInformatic Association [online]. 7. 10. 2004, 21 Sep 2010 [cit. 2012-05-16]. Dostupné z: http://fobia.img.cas.cz/

ISCB: The Leading Professional Society for the New Era of Computational Biology. INTERNATIONAL SOCIETY FOR COMPUTATIONAL BIOLOGY,. ISCB [online]. Copyright © 2011 [cit. 2012-05-16]. Dostupné z: http://www.iscb.org/

Citováno z „https://wiki.knihovna.cz/index.php?title=Bioinformatics_analyst&oldid=22064“